Naravni rezervat Škocjanski zatok leži tik ob pristanišču in je nastal prav zaradi razvoja slovenske luke, sprva kot degradirano območje, nato pa tudi z našo pomočjo čudovita naravna oaza na pragu Kopra. Gre za polslano mokrišče, skoraj tri četrtine površine obsega polslana laguna, ki je dom številnih redkih živalskih in rastlinskih vrst. Na 122 ha so z monitoringom leta 1999 ornitologi našteli 259 različnih vrst ptic, kar je več kot 60 % vseh vrst ptic v Sloveniji.
Luka Koper že od leta 2006 sodeluje pri razvoju rezervata, nabavi opreme in ureditvi območja. Prav zdaj pa je v končni fazi tudi podpis Dogovora med deležniki v okviru projekta IMPRECO. Gre za našo zavezo, da bomo kot deležnik še naprej sodelovali pri celostnem upravljanju Naravnega rezervata Škocjanski zatok. Ustanovljena je bila mednarodna mreža zavarovanih območij in lokalnih skupnosti PARES, ki želi ohranjati sposobnost ekosistemov za zagotavljanje ekosistemskih storitev, ključnih za dobrobit, varnost in uspešnost Jadransko-jonske regije. Dogovor traja do konca leta 2025.
